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O Instituto nossosriachos teve início em julho de 2004, com a proposta de realização do Projeto BioBahia. Com objetivo de avaliar da ictiofauna dos sistemas hídricos poucos explorados do extremo sul da Bahia. Conhecer a diversidade de peixes de água doce na região e investigar a história dos rios. Em 24 de julho de 2004 foi realizada uma expedição de reconhecimento da região. A fase 1 deste projeto começa com as coletas de Outubro de 2004 e e a fase 2 com as coletas de Dezembro de 2006.

Em 2008 iniciamos a primeira fase do projeto BIOdiversES. Com objetivo de ampliar o conhecimento sobre os peixes de riacho do Espírito Santo, definindo a distribuição geográfica e localizando áreas de endemismo das espécies. Nesta fase foram realizadas amostragens nas regiões Centro-oeste e Sudoeste do ES e na região serrana entre Lombardia e Fundão em 2009. E Noroeste e Sudeste do ES em 2010.
A fase II iniciada em 2011 complementou as regiões ainda com poucas amostragens recentes: Córrego Valsugana e Rio do vale do Canaã em 2011 e Bacia do rio Barra Seca em 2013.

Em 2011 em parceria com a UFES foi iniciado o projeto DiversidadES “Efetividade de Unidades de Conservação no Estado do Espírito Santo para a proteção da biodiversidade”. Apesar das dezenas de UCs criadas no ES, a maioria possui áreas pequenas ou está em categorias em que a proteção não é muito eficaz, de maneira que poucas aparentemente podem proteger de maneira efetiva a biodiversidade. Em função disto, surge uma pergunta, para a qual ainda não temos uma boa resposta: os maiores e mais bem protegidos remanescentes de Mata Atlântica no ES são efetivos na proteção da biodiversidade? A busca desta resposta é de grande importância para a avaliação do nosso atual sistema de áreas protegidas e para a tomada de decisões que ajudem na conservação da diversidade biológica do Estado.Para responder, pelo menos em parte, a essa pergunta, foi apresentado um projeto que procurou diagnosticar a efetividade das principais UCs no ES, usando grupos faunísticos sensíveis às alterações ambientais ou à fragmentação florestal. Foi proposto a realização de um diagnóstico, com base em dados históricos e atuais, da fauna de insetos aquáticos, peixes de riachos e mamíferos de médio a grande porte em oito unidades de conservação distribuídas de norte ao sul
do Estado.

Em 2014 inicia o “Distribuição e Endemismo de Peixes de Água Doce ao Sul da Mata Atlântica Nordeste” como um caminho de sintetização e ampliação dos trabalhos realizados nos anos anteriores. Em 2015 esta proposta foi ampliada para toda Ecorregião Mata Atlântica Nordeste com o “PROJETO DISTRIBUIÇÃO E ENDEMISMO DE PEIXES NA ECORREGIÃO MATA ATLÂNTICA NORDESTE”, que se estendeu até 2017.

Em 2018 em decorrência desta vasta experiência adquirida com mais de dez anos trabalhando com os peixinhos de riachos da Mata Atlântica e entendendo que a conservação da espécies está intimamente ligada a conservação dos habitat e que esta é consequência da forma como o ser humano usa os espaços para seu próprio bem estar, o Instituto nossosriachos passa a direcionar suas ações para uma ampliação na construção de parcerias com outros setores envolvidos com a questão da conservação na Mata Atlântica.