Exercício PAE Peixes do Espírito Santo
Citação de Luisa Soares em 13 de setembro de 2021, 09:34O método de análise de simplicidade de endemismos (PAE) como proposto por Rosen (1988) e discutido por Rosen & Smith (1988), Cracraft (1991), e Rosen (1992). No PAE a distribuição dos organismos através das áreas geográficas é tratada como análoga a distribuição dos caracteres no sentido evolutivo de Hennig (1966).
Vamos praticar, de verdade!
Levando em conta a distribuição das espécies de peixes no Espírito Santo (Segundo Sarmento-Soares & Martins Pinheiro, 2011, 2012a, 2012b, 2013) aplique o método de análise de simplicidade de endemismos (PAE). Para esta avaliação biogeográfica:
- Vamos preparar uma lista com o conjunto de táxons monofiléticos distribuídos pelas 4 áreas a avaliar- faço a sugestão que adotem os peixes Ostariophysi- nas ordens Characiformes, Siluriformes e Gymnotiformes- grupo amplamente reconhecido como monofilético. Vou ajudá-las nesta etapa!
- Quatro artigos a avaliar em nove bacias- Sul- bacia Itabapoana e Itapemirim (42. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/2014_Sarmento-Soares_Martins-Pinheiro.pdf), Sudeste- Bacia rio Novo, Benevente e Guarapari (32. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/2012_Sarmento-Soares_et_al-SudesteEspiritoSanto.pdf), Centro- microbacias de Serra e bacia Reis Magos (31. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/es4.pdf) e Norte- bacia São Mateus e Itaúnas (34. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/2012_Sarmento-Soares_Martins-Pinheiro-NorteEspiritoSanto.pdf) do Espírito Santo (números em parênteses se referem ao número da publicação dos artigos - disponíveis em http://nossacasa.net/nossosriachos/publicacoes/
- Separar todos peixes listados (todos ou Characiformes, Siluriformes e Gymnotiformes) e organizar as espécies em uma planilha (monte em excell- depois passe os dados para o winclada)
- exclua as espécies invasoras marinhas e as espécies exóticas.
- Construa uma matriz de dados, com espécies por áreas- cada linha uma espécie- cada coluna uma bacia/ sub-bacia hidrográfica.
- Empregar uma área hipotética codificada com zeros para enraizamento (Táxon 0). Lançar a presença na área com 1 e ausência com zero.
- Organize a planilha de presença ausência por intermédio do software Winclada. Download disponível em http://www.diversityoflife.org/winclada/
- Empregue o programa Tree analysis using New Technology (TNT) para determinar a relação entre as áreas. Download disponível em http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/ escolha baixar a versão standard.
O método de análise de simplicidade de endemismos (PAE) como proposto por Rosen (1988) e discutido por Rosen & Smith (1988), Cracraft (1991), e Rosen (1992). No PAE a distribuição dos organismos através das áreas geográficas é tratada como análoga a distribuição dos caracteres no sentido evolutivo de Hennig (1966).
Vamos praticar, de verdade!
Levando em conta a distribuição das espécies de peixes no Espírito Santo (Segundo Sarmento-Soares & Martins Pinheiro, 2011, 2012a, 2012b, 2013) aplique o método de análise de simplicidade de endemismos (PAE). Para esta avaliação biogeográfica:
- Vamos preparar uma lista com o conjunto de táxons monofiléticos distribuídos pelas 4 áreas a avaliar- faço a sugestão que adotem os peixes Ostariophysi- nas ordens Characiformes, Siluriformes e Gymnotiformes- grupo amplamente reconhecido como monofilético. Vou ajudá-las nesta etapa!
- Quatro artigos a avaliar em nove bacias- Sul- bacia Itabapoana e Itapemirim (42. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/2014_Sarmento-Soares_Martins-Pinheiro.pdf), Sudeste- Bacia rio Novo, Benevente e Guarapari (32. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/2012_Sarmento-Soares_et_al-SudesteEspiritoSanto.pdf), Centro- microbacias de Serra e bacia Reis Magos (31. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/es4.pdf) e Norte- bacia São Mateus e Itaúnas (34. http://www.nossacasa.net/nossosriachos/doc/2012_Sarmento-Soares_Martins-Pinheiro-NorteEspiritoSanto.pdf) do Espírito Santo (números em parênteses se referem ao número da publicação dos artigos - disponíveis em http://nossacasa.net/nossosriachos/publicacoes/
- Separar todos peixes listados (todos ou Characiformes, Siluriformes e Gymnotiformes) e organizar as espécies em uma planilha (monte em excell- depois passe os dados para o winclada)
- exclua as espécies invasoras marinhas e as espécies exóticas.
- Construa uma matriz de dados, com espécies por áreas- cada linha uma espécie- cada coluna uma bacia/ sub-bacia hidrográfica.
- Empregar uma área hipotética codificada com zeros para enraizamento (Táxon 0). Lançar a presença na área com 1 e ausência com zero.
- Organize a planilha de presença ausência por intermédio do software Winclada. Download disponível em http://www.diversityoflife.org/winclada/
- Empregue o programa Tree analysis using New Technology (TNT) para determinar a relação entre as áreas. Download disponível em http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/ escolha baixar a versão standard.
Citação de Luisa Soares em 13 de setembro de 2021, 09:36Muito bem meninas!
Para preparar a matriz, não é necessário digitar toda a planilha dentro do winclada.
Dá para importar os dados do Excell empregando o PAST como intermediário.
Hammer, , Harper, D.A.T., Ryan, P.D. 2001. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica 4(1): 9pp. http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
Vejam como faz:
- Baixar o PAST priede.bf.lu.lv/ftp/pub/TIS/datu_analiize/PAST/2.17c/download.html
- Abrir o PAST e marcar a opção edit labels
- Copie e cole a planilha excell já pronta
- Na opção edit > remove apagar todas as colunas e linhas que não vai usar
- Para inverter a ordem de alinhamento da planilha clique na opção edit > transpose
- Salve o arquivo no formato nexus (.nex) - que é codificado pelo Winclada
No Winclada
file > open file
Pronto!
Muito bem meninas!
Para preparar a matriz, não é necessário digitar toda a planilha dentro do winclada.
Dá para importar os dados do Excell empregando o PAST como intermediário.
Hammer, , Harper, D.A.T., Ryan, P.D. 2001. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica 4(1): 9pp. http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
Vejam como faz:
- Baixar o PAST priede.bf.lu.lv/ftp/pub/TIS/datu_analiize/PAST/2.17c/download.html
- Abrir o PAST e marcar a opção edit labels
- Copie e cole a planilha excell já pronta
- Na opção edit > remove apagar todas as colunas e linhas que não vai usar
- Para inverter a ordem de alinhamento da planilha clique na opção edit > transpose
- Salve o arquivo no formato nexus (.nex) - que é codificado pelo Winclada
No Winclada
file > open file
Pronto!
Citação de Luisa Soares em 16 de setembro de 2021, 10:07Bom dia meninas!
Já organizei a planilha de espécies por área.
Não consegui anexar a planilha excell aqui.
Vou criar uma pasta Dropbox para compartilhar o manuscrito.
Bom dia meninas!
Já organizei a planilha de espécies por área.
Não consegui anexar a planilha excell aqui.
Vou criar uma pasta Dropbox para compartilhar o manuscrito.
Citação de Luisa Soares em 16 de setembro de 2021, 10:11O próximo passo agora é vocês se ambientarem com o método, através da leitura de alguns artigos.
Vários métodos foram empregados na identificação e classificação de áreas de endemismo. A análise de parcimônia da endemicidade (PAE) foi uma das mais utilizada metodologias. Constrói cladogramas de similaridade entre as áreas utilizando o método de análise cladística das matrizes de dados de presença-ausência de espécies e taxas supraespecíficas. Na última década o PAE caiu em desuso, por não permitir uma avaliação histórica, mas sim de semelhança. Contudo, a base teórica do PAE pode reconhecer áreas de maior concentração de registros de espécies, o que representa uma ferramenta valiosa a conservação.
Recentes contribuições tem adotado o PAE para identificar áreas de endemismo e determinar suas relações, desempenhando um papel relevante na biogeografia evolutiva.
Assim, vamos começar a buscar quem trabalhou com fauna aquática neste viés de conservação?
O próximo passo agora é vocês se ambientarem com o método, através da leitura de alguns artigos.
Vários métodos foram empregados na identificação e classificação de áreas de endemismo. A análise de parcimônia da endemicidade (PAE) foi uma das mais utilizada metodologias. Constrói cladogramas de similaridade entre as áreas utilizando o método de análise cladística das matrizes de dados de presença-ausência de espécies e taxas supraespecíficas. Na última década o PAE caiu em desuso, por não permitir uma avaliação histórica, mas sim de semelhança. Contudo, a base teórica do PAE pode reconhecer áreas de maior concentração de registros de espécies, o que representa uma ferramenta valiosa a conservação.
Recentes contribuições tem adotado o PAE para identificar áreas de endemismo e determinar suas relações, desempenhando um papel relevante na biogeografia evolutiva.
Assim, vamos começar a buscar quem trabalhou com fauna aquática neste viés de conservação?
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